L'équipe de recherche de Pascal Barbry (IPMC, Université Côte d'Azur), lauréate de l’Initiative Chan Zuckerberg
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le 2 novembre 2017
Ce financement permettra de soutenir les travaux de recherche de l'équipe pour établir la carte d'identité des cellules des voies respiratoires. Il entre dans le cadre d'un consortium mondial "Human Cell atlas"visant à créer un atlas de référence de toutes les cellules du corps humain.
481 candidatures ont été soumises au premier appel d’offres, venant d'institutions réparties sur les 6 continents. Les 38 projets pilotes, qui touchent à des travaux de recherche et de développement, émanent de 8 pays situés en Europe, en Afrique, en Asie et en Amérique du Nord. Cette répartition illustre bien la nature mondiale et collaborative de l'Atlas.
Le « Human Cell Atlas » doit permettre d’établir une ressource accessible à tous pour des études en biologie/médecine. A partir de l’enthousiasme d’un petit groupe de chercheurs, un grand consortium international s’est structuré pour accroître l'impact de la recherche biologique sur les cellules uniques. Les partenaires du projet s'engagent à construire une ressource librement disponible et facilement accessible pour accéder aux données, et à développer les logiciels et standards requis pour l'analyse et le partage des données, en s’appuyant sur les meilleures pratiques de développement open-source et collaboratif.
Cet Atlas doit révolutionner le mode de perception de l'anatomie humaine et de la biologie cellulaire. Grâce à lui, de nouvelles questions fondamentales sur la progression des maladies et l'état de la cellule pourront être abordées. Il permettra le développement de nouveaux diagnostics, de nouvelles cibles médicamenteuses, et intégrera de nouvelles approches informatiques pour mieux stratifier les maladies.
Le « Human Cell Atlas » est un projet international mené à grande échelle et sur le long terme, associant plusieurs des meilleures institutions mondiales de recherche. Les 38 projets pilotes qui ont été sélectionnés pourront jouer un rôle clé dans la mise en place d’outils et de technologies nécessaires à la construction d’un Atlas des 1013 cellules humaines.
Les subventions accordées sur recommandation de l'Initiative Chan Zuckerberg (CZI) seront délivrées par un fonds de la « Silicon Valley Community Foundation ». CZI espère à travers cette initiative soutenir et accélérer le développement de technologies expérimentales très robustes, permettre le déploiement d'une infrastructure d'analyse et de partage ouvert et favoriser la collaboration internationale dans ce domaine. Les deux chefs de file du projet sont le Dr Aviv Regev (Broad Institute of MIT, Harvard, USA), et le Dr Sarah Teichmann (Wellcome Trust Sanger Institute, UK).
Mettre en place la carte d'identité des cellules
"Le financement accordé à notre laboratoire (IPMC, Sophia Antipolis et CHU de Nice – Fondation Lenval) doit permettre de financer un projet pilote d'un an destiné à établir la carte d’identité des cellules présentes dans les voies respiratoires", explique Pascal Barbry, Directeur de l'IMPC. "Les cellules qui se trouvent dans le nez, la trachée et les bronches remplissent des fonctions essentielles pour permettre le bon fonctionnement de la respiration. Tout dysfonctionnement qui les affecte peut être la cause d’une maladie grave comme l’asthme, la bronchopathie chronique obstructive (BPCO) ou la mucoviscidose", confie le directeur.
Le projet de l’IPMC est mené en lien avec les équipes de pneumologie adulte et pédiatrique du CHU de Nice – Fondation Lenval (Dr Leroy, Dr Giovannini-Chami, Pr Marquette).
Les prélèvements des cellules des voies respiratoires seront réalisés au cours d’une bronchoscopie, un examen des bronches qui s'effectue sous anesthésie locale, grâce à un fin appareil souple (le fibroscope) et qui permet d’atteindre différents niveaux anatomiques des voies respiratoires. Les cellules seront dissociées, et les profils d’expression de tous les gènes exprimés dans chaque cellule individuelle seront évalués. Plusieurs milliers de cellules seront ainsi caractérisées à chaque expérience.
Les recherches en génomique de l’IPMC sur la cellule unique ont démarré au début de l’année 2015, dans le cadre d’un projet soutenu par la Cancéropôle PACA, l’association Vaincre la Mucoviscidose et l’infrastructure nationale France Génomique et le Conseil Départemental des Alpes Maritimes.
Quand pouvons-nous nous attendre à ce que le projet d'atlas des cellules humaines soit terminé? "Plusieurs années seront nécessaires pour constituer cet atlas", précise Pascal Barbry. "A l’instar du projet de séquençage du génome humain, ou de tout autre grand projet de recherche, donnant naissance à de nouvelles disciplines qui font encore aujourd’hui largement évoluer notre compréhension de la biologie et des maladies, le « Human Cell Atlas » est appelé à devenir une nouvelle référence sur laquelle une communauté très large pourra s'appuyer pendant de nombreuses années. Il reflète une toute nouvelle façon d’appréhender le corps humain". conclut le chercheur.
