La Promenade niçoise du variant anglais

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Publié le 7 septembre 2021 Mis à jour le 23 septembre 2021
Date(s)

le 1 septembre 2021

eaux usées
eaux usées

L'équipe de Pascal Barbry à l'Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire (Université Côte d'Azur - CNRS) a analysé les eaux usées d’une vingtaine de points de la ville par séquençage d’ARN. Cela leur a permis de dresser une carte de la composition en différents variants présents sur le territoire. De telles approches peuvent fournir à l’avenir de précieuses informations épidémiologiques. 

Cet article, publié dans la revue Lancet Regional Health Europe, détaille la dissémination du variant « anglais » (alpha) du SARS-CoV-2 à l’intérieur de la ville de Nice au début de l’année 2021. 

Le génome du virus SARS-CoV-2 contient environ 30000 ribonucléotides. Les progrès des méthodes de séquençage ont permis aux scientifiques de traquer les différents variants du virus du SARS-CoV-2  dans les eaux usées de la ville de Nice afin de quantifier le niveau du virus et déterminer la nature d’éventuels variants. Le virus étant détecté dans les selles des personnes infectées, les scientifiques ont voulu voir dans quelle mesure des quantifications effectuées dans des eaux usées de différents quartiers d’une ville pouvait refléter ce qui se passait en surface. Ainsi,  tester ce qui se passe dans les réseaux d’assainissement pourrait donner une image plus complète de ce qui se passe dans toute la population, en criblant aussi bien les personnes symptomatiques que les asymptomatiques. 

Avec l’aide des services de la Métropole de Nice, les chercheurs ont collecté des eaux usées provenant de 20 quartiers différents de la ville. Cela a permis de vérifier la bonne correspondance existant entre ce qui était mesuré en sous-sol et ce que voyaient les biologistes médicaux lors de leurs tests individuels sur des patients. Des informations très précises sur les différents variants qui circulaient ont pu être collectées permettant, dès la fin de l’année 2020, d’identifier très tôt la présence de variants "à risque" dans certains quartiers de la ville. 
Ce séquençage a permis de révéler en janvier dernier l’émergence dans un des quartiers de la ville d'un variant particulier de la lignée alpha, porteur d'une mutation A522S sur la spicule. Ce variant n'avait été détecté que chez moins de 2% de tous les virus B.1.1.7, mais c'est pourtant lui qui s'est rapidement répandu dans toute la ville pour devenir largement majoritaire dans toute la ville à partir du mois de février. D'autres variants préoccupants (B.1.351, P.1) ont également été détectés dans certains quartiers, mais toujours à une faible fréquence. Une comparaison avec les échantillons cliniques individuels collectés au cours de la même semaine a démontré la bonne correspondance existant entre le séquençage des eaux usées et les tests individuels, puisque ces 2 approches identifiaient les mêmes lignées. 
Le séquençage des eaux usées a permis de documenter de façon très précise la diversité des séquences du SARS-CoV-2 présentes dans différents quartiers, notamment certains où des niveaux de virus bien au-dessus de la moyenne sont mesurés. L’intérêt de ces techniques de séquençage est de pouvoir suivre l’évolution du virus plus rapidement qu’avec des approches de PCR quantitative qui réclament la mise en place de nouveaux kits possédant de nouvelles amorces d'amplification chaque fois que de nouvelles variations apparaissent. Au vu des progrès faits en séquençage, il est donc envisageable que la PCR soit remplacée un jour par du séquençage.

 Cette démarche générique d’analyse des eaux usées peut aussi être adaptée à d’autres virus que le SARS-CoV-2  et permettre de réaliser un suivi très complet d’une population, même dans une ville assez grande, et tout cela à des coûts très raisonnables. Cela peut constituer un outil « micro-épidémiologique » très utile pour suivre la dissémination d’agents pathogènes sur un territoire lors d’épisodes pandémiques et/ou épidémiques. 

 
schéma P Brabry
schéma P Brabry


© Franck Aguila & Pascal Barbry    

Figure : Evolution du pourcentage de variant alpha du SARS-CoV-2 par rapport à la quantité totale du virus. Les mesures ont été effectuées par séquençage entre décembre 2020 et février 2021, montrant la propagation de ce variant à l’intérieur de la ville de Nice. Initialement absent en décembre, il est identifié dans un quartier à l’ouest de la ville en janvier, puis dans toute la ville en février. 


 
Pour en savoir plus

Monitoring SARS-CoV-2 variants alterations in Nice neighborhoods by wastewater nanopore sequencing.
Géraldine Rios, Caroline Lacoux, Vianney Leclercq, Anna Diamant, Kévin Lebrigand, Adèle Lazuka, Emmanuel Soyeux, Sébastien Lacroix, Julien Fassy, Aurélie Couesnon, Richard Thiery, Bernard Mari, Christian Pradier, Rainer Waldmann, Pascal Barbry. 
Lancet Regional Health Europe. 16 Août 2021 DOI: https://doi.org/10.1016/j.lanepe.2021.100202

Contact

Pascal Barbry - Directeur de Recherche CNRS 
barbry@ipmc.cnrs.fr - @pbarbry
Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire (IPMC) et Institut Interdisciplinaire en Intelligence Artificielle de la Côte d’Azur (3IA Côte d’Azur)
Université Côte d’Azur et CNRS
660, route des lucioles – F06560 Sophia Antipolis